W latach 1934 – 1938 sterylizacją objęto od 200 do 350 tysięcy osób. Wraz z wybuchem wojny naziści przystąpili do realizacji programu biologicznej likwidacji ludzi nieuleczalnie chorych. Rozpoczęto od akcji mordowania dzieci, którą nazywano eutanazją (uśmiercaniem z litości). Prowadzono ją w ścisłej tajemnicy. Utworzono „pediatryczne oddziały specjalistyczne”, gdzie zamiast leczyć mordowano chore dzieci. Wkrótce programem eutanazji objęto dorosłych. Program ten opatrzony został kryptonimem „T – 4”, od lokalizacji centrali, która mieściła się w Berlinie przy Tiergarten Strasse 4. Zdecydowano, iż najbardziej efektywnym sposobem zabijania będzie użycie tlenku węgla.
Pierwsze próby zagazowywania chorych podjęto na pacjentach polskich szpitali psychiatrycznych. W początku 1940 r. w Rzeszy zorganizowano sześć „ośrodków eutanazji”, w których zamordowano ponad 70 tys. osób. Informacje o programie eutanazji przedostały się na zewnątrz i wywołały społeczny sprzeciw. W kościołach odczytany został wspólny list pasterski ewangelickiego biskupa i katolickich kardynałów, w którym protestowano przeciwko akcji eutanazji. Wzniesiono również oskarżenie do sądu o mordowanie umysłowo chorych, co według kodeksu karnego podlegało karze śmierci. Protesty społeczne doprowadziły w 1941 r. do wstrzymania eutanazji. Faktycznie jednak prowadzono ją do końca wojny. Cały czas trwała także akcja przewożenia więźniów niezdolnych do pracy z obozów koncentracyjnych do „ośrodków eutanazji”. Jej ofiarami byli chorzy więźniowie i osoby niewygodne dla reżimu. Szacuje się, iż zamordowano łącznie około 275 tys. osób, wśród których znalazło się 500 dzieci.